Der Datenaustausch ist im Layer-GIS sehr einfach; Raster-, Vektor- und Punktdaten lassen sich über Schnittstellen im- und exportieren. Jede externe Datei entspricht dabei einer Informationsschicht im GIS, speicherbar im Vektor-, Raster- oder Punktformat. Der Zugriff auf einzelne Informationen erfolgt durch Angabe der Koordinaten und der abzufragenden Informationsebene, das GIS liefert dann die dort gespeicherte Information. Verschneidungen sind einfach durchzuführen, die Berechnung von neuen Schichten erfolgt unter Verwendung vorhandener Informationsschichten.
Alle Daten können im jeweils optimalen Format abgelegt werden: Kontinuierliche Daten werden im Rasterformat gespeichert, lokal homogene Flächendaten oder linienhafte Verbindungen (z.B. Verkehrswege) dagegen im Vektorformat. Messdaten werden als Punktinformationen abgelegt. Konvertierungen zwischen den Datenstrukturen sind möglich. Eine topographische Karte kann beispielsweise gescannt und als Rasterdatei importiert werden. In einem zweiten Schritt lassen sich relevante Informationen dann manuell oder automatisiert vektorisieren ("`digitalisieren"', ein etwas unscharfer Begriff). Vektordaten können bei Kopplung an ein Datenbanksystem zur Speicherung von Attributinformationen Objektcharakter haben.
Der Nachteil der Layer-GIS besteht in der unwirtschaftlichen Verwaltung von objektorientierten Daten wie Katasterdaten, da die einzelnen Objekte nicht sehr gut kapselbar sind. Die für diese Daten wünschenswerte objektweise geschlossene Datenhaltung ("`black-box"'-Speicherung) und objektweise Speicherung lässt sich nicht realisieren. So kann eine weitere interne Objektstruktur im Prinzip nicht aufgebaut werden (bei Katasterdaten z.B. Verwaltung von Grundstücken mit gekoppelten Gebäudeinformationen).